第一 題名の修正
第二から第八までの修正に伴い、題名を「公益通報者の保護等に関する法律」に改めるものとすること。（題名関係）
第二 目的規定の修正
目的規定について、公益通報が行われることが法令に違反する等の事実の発生若しくはこれによる被害の拡大又はその是正にとって重要であるとの基本的認識を明らかにするとともに、取締役等の責務を位置づける等、第三から第八までに伴う所要の修正を行うものとすること。（第一条関係）
第三 保護される公益通報者の範囲の拡大
次のような修正を行い、労働者のみならず、弱い立場にある下請等事業者についても、保護の対象に含めるものとすること。
一 「公益通報」の定義
「公益通報」を、・労働者が行う公益通報（労働者公益通報）に加え、・下請等事業者が行う公益通報（下請等事業者公益通報）を含めた形で定義するものとすること。（第二条第一項関係）
二 「下請等事業者公益通報」の定義
一の・の「下請等事業者公益通報」とは、下請等事業者が、不正の目的でなく、親事業者又はその役員、従業員、代理人その他の者について通報対象事実が生じ、又は生ずるおそれがある旨を、親事業者等、行政機関又は外部通報先に通報することをいうものとすること。（第二条第三項関係）
三 公益通報下請等事業者に対する不利益取扱いの禁止
公益通報を行った下請等事業者に対して、当該公益通報を行ったことを理由として請負契約等の解除その他不利益な取扱いをすることを禁止するものとすること。（第八条関係）
四 孫請け等の場合に関する規定
下請等事業者が行う事業について数次の請負契約等が締結されているとき（孫請け等）についても、必要な規定を置くものとすること。（第二条第三項等関係）
第四 通報対象事実の範囲の拡大等
一 「通報対象事実」の定義
「通報対象事実」を次のような形で定義することにより、通報対象事実を、特定の法律に規定する犯罪行為の事実に限定せず、法令違反一般及び実質的公益侵害に拡大するものとすること。（第二条第五項関係）
・ 法令に違反し、又は違反するおそれがある事実
・ ・に掲げるもののほか、個人の生命又は身体に重大な影響を与えるおそれがある事実
二 通報対象事実が「生ずるおそれがある旨」の通報
政府案では、通報対象事実が「まさに生じようとしている旨」の通報を保護の対象としているが、これを、「生ずるおそれがある旨」の通報に拡大するものとすること。（第二条第二項等関係）
第五 外部通報要件の緩和等
一 外部通報要件の緩和
１ 第三条第三号ニ等の修正
政府案では、事業者内部への通報を受けた事業者が正当な理由がなくて調査を行わない等の場合において外部通報が認められるまでの期間が「二十日」とされているが、これを「二週間」に短縮するものとすること。
政府案では、事業者が「正当な理由がなくて調査を行わない場合」に外部通報が認められるが、これを、事業者が「調査を行わない場合（調査を行わないことに正当な理由があり、当該理由を公益通報者に通知した場合を除く。）」に外部通報を認めるよう改めるものとすること。
２ 第三条第三号ホ等の修正
政府案では、「個人の生命等に危害が発生し、又は発生する急迫した危険があると信ずるに足りる相当の理由がある場合」に外部通報者を保護することとされているが、これについて、危険の急迫性を要しないものとするとともに、「公共の利益が著しく阻害され若しくは阻害されるおそれがあると信ずるに足りる相当の理由がある場合」における外部通報をも保護の対象とするものとすること。
二 外部通報先の範囲の拡大
外部通報先の範囲を「その者に対し当該通報対象事実を通報することがその発生若しくはこれによる被害の拡大を防止し、又はその是正を図ることに資すると認められる者」とし、「必要である」とあるのを「資する」に改める等の修正を行うものとすること。（第三条第三号等関係）
第六 他人の正当な利益等の尊重の規定の削除
政府案第八条（他人の正当な利益等の尊重）の規定は、公益通報をすることを萎縮させるおそれがあるため、削除するものとすること。
第七 是正措置等の通知の義務化
是正措置等の通知について、努力義務規定を義務規定とするものとすること。（第九条関係）
第八 取締役等の法令遵守義務に関する規定の追加
取締役その他事業者の経営を担当する者について、これらの者が違法、不当な行為を最も発見しやすい立場にあることにかんがみ、コンプライアンス経営に努めるべきこと、通報対象事実を発見したときは誠実に対応すべきこと等を規定するものとすること。（第十二条関係）
第九 施行期日及び見直しの期日の前倒し
１ 施行期日を公布日から一年以内に前倒しするものとすること。（附則第一条関係）
２ 見直しの期日を、施行後三年を目途とするものとすること。（附則第二条関係）
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