第一 目的

「学術研究の水準の向上と均衡ある発展を図るため」を「学術研究の水準の向上と自立的な発展を図るため」に改めるものとすること。（第一条関係）

第二 国立大学法人評価委員会

1. 評価委員会は、その所掌事務を遂行するため必要があると認めるときは、大学の教育研究及び運営の評価を適確に実施することができる独立行政法人その他の法人（人格のない社団又は財団で代表者又は管理人の定めのあるものを含む。）又は学識経験を有する者に対し、必要な調査を委託することができるものとすること。（第九条第三項関係）
2. 評価委員会の委員は、大学の教育研究及び運営に関し高い識見を有する者その他の学識経験のある者のうちから、文部科学大臣が任命するものとすること。（第九条第四項関係）
3. 評価委員会は、会議の議事録を作成し、これを公表しなければならないものとすること。（第九条第五項関係）

第三 役員

1. 各国立大学法人について定められる理事の員数を廃止し、各国立大学法人は十名以内の理事を置くことができるものとすること。（第十条第二項関係）
2. 学長選考会議の委員の構成について、経営協議会側委員と教育研究評議会側委員を同数とする要件を廃止するものとすること。（第十二条第二項関係）
3. 学長は学長選考会議に参加できないものとすること。（第十二条第三項関係）
4. 学長は、学長選考会議の委員の名簿を作成し、これを公表するものとすること。（第十二条第六項関係）
5. 学長の選考は、学部、研究科、大学附置の研究所その他の教育研究上の重要な組織の職員のうち専ら教育又は研究に従事する者の推薦を受けた者の中から行うものとすること。（第十二条第九項関係）
6. 文部科学大臣が監事を任命にするに当たっては、学部、研究科、大学附置の研究所その他の教育研究上の重要な組織の長の意見を聴かなければならないものとすること。（第十二条第十項関係）

第四 経営協議会

1. 経営協議会の委員の構成について、学外委員を二分の一以上とする要件を廃止するものとすること。（第二十条第三項関係）
2. 学長は、経営協議会の委員の名簿を作成し、これを公表するものとすること。（第二十条第六項関係）

第五 教育研究評議会

1. 教育研究評議会の審議事項に、次の事項を追加するものとすること。（第二十一条第三項関係）
（1）予算の作成及び執行並びに決算に関する事項
2.当該国立大学、学部、学科その他の重要な組織の設置又は廃止に関する事項
（2）学長は、教育研究評議会の評議員の名簿を作成し、これを公表するものとすること。（第二十一条第六項関係）

第六 業務の範囲等

1. 国立大学法人は、当該国立大学における技術に関する研究の成果の活用を促進する事業のほか、国立大学法人が行うこととされる業務（大学の設置及び運営を除く。）に関する事業を実施する者に出資できるものとすること。（第二十二条第一項第六号関係）
2. 授業料その他の費用に関しては、文部科学省令で定めるところにより、国立大学法人が定めるものとすること。（第二十二条第四項関係）

第七 大学共同利用機関法人

大学共同利用機関法人に関しては、国立大学法人と同様の修正を行うものとすること。（第二章第二節関係）

第八 中期目標及び中期計画等

1. 中期目標の作成主体を文部科学大臣から国立大学法人等に修正するものとし、国立大学法人等は当該中期目標を文部科学大臣に届け出るものとすること。（第三十条第一項及び第三項関係）
2. 中期計画に係る文部科学大臣の認可を届出に修正するものとすること。（第三十一条第一項及び第三項から第五項まで関係）
3. 国立大学法人等は、毎年度、中期計画の実施状況を公表するものとすること。（第三十一条第三項関係）
4. 中期目標及び中期計画に関する修正に伴い、文部科学大臣の財務大臣との協議を廃止するものとすること。（第三十六条第二号及び第三号関係）

第九 情報公開（再掲）

1. 評価委員会の会議の議事録は、これを公表しなければならないものとすること。
2. 学長は、学長選考会議の委員、経営協議会の委員及び教育研究評議会の評議員並びに中期計画の実施状況を公表するものとすること。
3. 大学共同利用機関法人の機構長は、国立大学法人と同様の情報を公表するものとすること。

第十 政策評価・独立行政法人評価委員会（総務省）の評価等に関する規定の適用除外

政策評価・独立行政法人評価委員会が行うこととされる、（1）国立大学法人評価委員会による国立大学法人等の評価結果に対する評価及びこれに関する意見陳述並びに（2）中期目標の期間終了時における国立大学法人等の主要な事務及び事業の改廃に関する文部科学大臣への勧告に関する規定は、国立大学法人等には適用しないよう独立行政法人通則法の準用規定を修正するものとすること。（第三十五条（独立行政法人通則法第三十二条第三項及び第五項並びに第三十五条第三項の準用に係る部分）関係）

第十一 第三者評価の多元性確保のための資金の確保等

国は、国立大学法人の教育研究水準の向上を図るため、学校教育法六十九条の三第二項に規定する認証評価機関による国立大学法人に対する評価が円滑に行われるよう必要な資金の確保その他の援助に努めるものとすること。（第三十七条関係）

第十二 その他

その他所要の規定の整備を行うものとすること。