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政府提出の「国立大学法人化法案」「国立大学法人法等の施行に伴う関係法律の整備に関係する法律案」「独立行政法人国立高等専門学校機構法案」が２２日、衆議院本会議で与党の賛成多数により可決し、参議院に送られた。民主党は「今よりもかえって国立大学等に対する文部科学省の支配・コントロールが強くなってしまうものであることが明らか」だとして反対した。
採決に先立ち、民主党から反対討論に立った牧野聖修議員（『次の内閣』文科相）は、国立大学法人化法案が、各大学の活動と運営の中期目標を文部科学大臣が定め、これを実行に移す中期計画を各大学が作成し、文部科学大臣の認可を受けることとしている点について、「このシステムのどこに、大学の自立と自主性を尊重する意図があるのか。このようなシステムで運営している国は、残念ながら世界のどこにもない」と切って捨て、３法案に断固反対の姿勢を強調した。
牧野議員はまた、この法案が、「国立大学評価委員会」を設置し、各大学での中期計画の実施状況を監視・評価して各大学への運営交付金の額を決めるとしていることについても、「各大学の生殺与奪の権力を持つ『国立大学評価委員会』の公正や、何を基準にするのか、どのような方法で評価作業をするのかがまったく決まっていない。法案の魂と言うべき最も重要な部分がまったく不明確なまま」だと批判。大学の役員人事について学外者の受け入れを義務づけた点についても、「これにより、各大学は、予算獲得のために、文部科学省からの天下り官僚を受け入れざるを得なくなる」と疑念を表明した。
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