パキスタンが核実験を実施した２８日、羽田幹事長は「憤りをもって強く抗議する」との談話を発表。「日本政府は、パキスタンに対してＯＤＡや円借款停止など断固たる措置を講ずるべき」として、国連での制裁・非難決議、パキスタンやインドの核拡散防止条約（ＮＰＴ）と核実験全面禁止条約（ＣＴＢＴ）の２条約への参加を強く求めている。

核保有国主導による核不拡散体制が行き詰まっている点も指摘し、「新しい核拡散防止体制の設立に向けた国際会議開催を呼びかけるなど、唯一の被爆国である日本がリーダーシップをとることが歴史的に求められている」としながら、橋本内閣の対応が後手後手で中途半端であった結果、印パ両国、国際社会に意味のある影響を与えられなかったことは「慙愧に堪えない」と批判している。

また、２９日の参議院本会議では全会一致でパキスタンの核実験に強く抗議する決議を採択した。