わが国の海賊対策は一義的に海上保安庁の任務であるにもかかわらず、海上保安庁の積極的な姿勢が見られない上、本法案では防衛大臣が特別の必要がある場合を判断して、閣議を経て自衛隊を出すことが可能となっており、判断の主体が海上保安庁ではない点に問題がある。
本法案に対しては、国際協力の観点からも、(１)海賊対処のための本部を設置し、わが国が持つ海賊対策のノウハウを一元的に集約して機動的に活動を行う、(２)海上保安庁が主体的に取り組むことを明記するため、対応が困難である場合の判断は海上保安庁（国土交通大臣）が行うこととし、説明責任を果たさせる、(３)自衛隊の派遣には国会の事前承認を求め、活動の変更や終了する場合には国会報告を義務づける、(４)海上警察の国際連携など、国際協力に関する一般的な規定を追加する、以上４点について、修正を求めることを確認し、対応は政調会長とＮＣ両大臣に一任された。そののち、修正協議を行ったが、決裂したため反対した。
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